下渚湖规划区西部塔山、防风山上植被良好，以常绿（落叶）阔叶林及灌木林为主，在二都集镇西街和云岫寺周围有两片省级生态公益林，面积约312公顷。东部为河网湖塘密集的湿地，以水生植被为主。
下渚湖内大小土墩上长年生长着茂密的翠竹，茂林幽森，清然高雅；野生的芦苇，沿湖成片，深入则密不可测。风景区用地的森林植被区划属中亚热带常绿阔叶林北部地带，原生植被以常绿阔叶林为主，植物种类繁多，仅高等植物就有500余种。
其中水杉、银杏、金钱松、鹅掌楸、三尖杉、浙江樟、红豆杉、天目木姜子、天目木兰、紫荆、厚朴、凹叶厚朴、浙江楠等属国家一、二、三类保护植物。豸山岛上还生长着一大片古樟树群，最老的大樟树已有上百年树龄。
