始建于明朝洪武年间（1368—1398），先建有一座城池，叫青篮所城，后改为清澜市，又叫陈家市，并设置了清澜千户所。据文昌市志记载：“清澜所城......明洪武间千户陈良督造”。以后都沿置并加强之，成为海南岛东部重要的出海口崖。辛亥革命后，孙中山先生提出了建设清澜港的问题，并把它写进《建国方略》中。
解放后，政府十分重视对清澜港的开发建设，从1953年开始，建成80米长500吨位的商业码头和一个103为长100吨位的渔业码头，最高年吞吐量20 多万吨，1983年政府把文昌、琼海、万宁三县划为清澜的经济区，新建一个5000吨位和2500吨位的商业码头，先后增设不少库房和其他辅助设施，如冷冻厂等，并开辟为工业区。海南建省后把清澜港列为省级基础设施重点工程，又建成一个长135米的5000吨位码头和125米长的5000吨位码头。
并设立了海关、金融、商检、工商、防疫检查等机构，使清澜港成为一个多功能综合性的一类进出口口岸。
