曼巴扎仓是医药学部，建在寺外东山顶上。距大雄宝殿1千米，是学习研究医学的学府。由主殿、配殿、山门组成。庙宇33间。主殿是宫殿式建筑，殿内供有各一尺二丈高的铜制镀金药师佛和阿旃婆佛。佛台东侧是64尊药师佛群像，一尊观世音菩萨，西墙上挂着盛世千尊佛像，后面也是64尊药师佛群像。正中是莲花宝座，花盘上供着药师佛经。东壁上绘有以《四部医典》为基本内容的枝干形图案，是该寺重要文物。

   “曼巴”在藏语中意思是医生。喇嘛医生必须在这里学习、实习，经考核后方可行医。经15年以上学习，考试合格者，可获得最高学位曼冉巴，精通医术，考试合格者，由活佛赐予“道布切”称号，并由寺院出资制药，承认其为主治医师。曼巴扎仓是东北地区蒙医蒙药学的研究中心，培养出来的藏医数千人，其中许多人成为了远近闻名的名医。瑞应寺曼巴扎仓是蒙古地区蒙医药学的中心，名医远近驰名，如古那大夫，自幼在此院学习，1949年后曾受到周总理的接见，获蒙医博士学位，后任内蒙古卫生副厅长。