萨尼特扎仓，即喇嘛教哲学学部，因建在大雄宝殿东侧，也称东扎仓。是传授佛教哲理的因明学部。由正殿、五位法王殿、东西配殿、大锅房及山门组成的单独寺院。有庙宇63间。正殿七九见方，宫殿式二层建筑，正中供有三丈六尺高的铜铸镀金弥勒佛像，还有八尺高的释迦牟尼铜像和四、五尺高的35尊铜佛像。殿西北角是六臂护法庙，此庙台阶前方有一只石雕的绿鹦鹉。殿内外十分整洁壮观。

    萨尼特扎仓是研究哲学经义的学府，在这里首先要学习藏文、经文时间长达六、七年，然后再花费30年的时间，分15个阶段学习佛教哲理因明学，还要在经堂、法园中，互相出题答辩，以求深解经文。最后在大雄宝殿经过“磋朗辩论”后，再经考试合格，根据其学习成绩，辩论哲理程度，授予磨罗连扎布、朵林巴 、格布楚三种学位。