三江源区河流主要分为外流河和内流河两大类，有大小河流约180多条，河流面积0.16 平方公里。外流河主要是通天河、黄河、澜沧江（上游称扎曲）三大水系，支流有雅砻江、当曲、卡日曲、孜曲、结曲等大小河川并列组成。流域总面积为237957 平方公里，多年平均总流量为1022.3 立方米/秒，年总径流量324.17亿立方米，理论水电蕴藏量为542.7万kw。
长江发源于唐古拉山北麓格拉丹冬雪山，三江源区内长1217km，占干流全长6300km的19%。除正源沱沱河外，区内主要支流还有楚玛尔河、布曲、当曲、聂恰曲等，年平均径流量为177亿立方米；黄河发源于巴颜喀拉山北麓各姿各雅雪山，省内全长1959km，占干流全长5464km的36%，主要支流有多曲、热曲等，年平均径流量232亿立方米，占整个黄河流域水资源总量的49%，占三江源区总径流量的42%；澜沧江发源于果宗木查雪山，三江源区内长448km，占干流全长4600km的10%，占国境内干流全长2130km的21%，年平均径流量107亿立方米，占境内整个流域水资源总量的15%，占三江源区总径流量的22%。
