鄱阳湖聚集了许多世界珍稀濒危物种，并保存了一定数目，是保存生物多样性的重要地方。保护区最为人们熟悉也是最重要的组成部分就是鸟类，其它动物名录很不完全，甚至根本没有。
鄱阳湖是白鹤等珍稀水禽及森林鸟类的重要栖息地和越冬地。白鹤是中国i级保护动物，野外总数大约为3000只。其中90%在鄱阳湖越冬。白枕鹤为中国ii级保护动物，野外大约有5000只左右，其中60%在鄱阳湖越冬。珍贵、濒危鸟类还有白鹳、黑鹳、白鹤、大鸨等国家i级保护动物；斑嘴鹈鹕、白琵鹭、小天鹅、白额雁、黑冠鹃隼、鸢、黑翅鸢、乌雕、凤头鹰、苍鹰、雀鹰、白尾鹞、草原鹞、白头鹞、游隼、红脚隼、燕隼、灰背隼、灰鹤、白枕鹤、花田鸡、小杓鹬、小鸦鹃、蓝翅八色鸫等国家ii级保护动物。
