作为千年古刹，历经沧桑，多次被毁又重建。据县志记载，后唐时被毁，宋代又重建。土地革命时期，国军为围剿红军，拆毁下殿40余间修筑碉堡。“文革”期间，又毁殿屋26间以建农校，佛像也在劫难逃。现展现在我们面前的是一片破败荒凉景象，与曹山寺的辉煌雄伟，形成鲜明反差：
寺内杂草丛生，庙宇寥寥无几，居士楼凌乱不堪，被遗弃的香炉破损锈蚀，被冷落的佛塔佛亭锈迹斑斑，钟楼不见，居架宇檐下；还偶见一年轻尼姑的衣衫，双肩双臂及前后一快快黑蓝色补丁密布，如同百衲衣，顿生穷酸怜悯之慨。想必修行人生活的艰辛，或许靠香客的香火钱，游客的捐款和5元一张的门票为生吧！？
上世纪九十年代中期，当地各级政府已经开始重建石巩寺，定下规划图。现在国家开始重视发展软实力，注重文化建设和文化产业的大力发展，旅游文化，宗教文化理应在其列吧！
