大金瓦殿，位于全寺正中。藏语称为“赛尔顿庆莫”，即金瓦的意思。其建筑面积为450平方米。大金瓦殿初建于公元1560年，后于公元1711年，用黄金1300两，白银一万多两改屋顶为金顶，形成了三层重檐歇山式金顶，后来又在檐口上下装饰了镀金云头、滴水莲瓣。飞脊装有宝塔及一对“火焰掌”。四角设有金刚 套兽和铜铃。底层为硫璃砖墙壁，二层是边麻墙藏窗，突出金色梵文宝镜，正面柱廊用藏毯包裹，殿内还悬挂着乾隆皇帝御赐的金匾，匾额题字为"梵教法幢"。进入大金瓦殿内，迎面矗立着12.5米高的大银塔，这就是宗喀巴诞生的地方。大银塔以纯银作底座，镀以黄金，并镶嵌各种珠宝，裹以数十层白色“哈达”，以示高贵。塔上有一龛，内塑有宗喀巴像，塔前陈放有各式酥油灯盏，银鼓号角，玉炉金幢。梁枋上布满了帷、幡、绣佛、围帐及布陈天花藻井，层层哈达，琳琅满目。整个建筑庄严大方，雄伟壮观。
