三湖书院在广东南海西樵山白云洞中，位居应潮湖、鉴湖、会龙湖之间而 得名，清乾隆五十四年(1789)金瓯堡名士岑怀瑾等创建，道光二十年(1840)重修。1987年南海县人民政府拨款按原貌采用水泥结构在西樵山白云洞异地重建，门匾为林则徐亲书“三湖书院”。
书院砖木结构，金字式抬梁木构架，硬山顶，两进祠堂式，前后座铺砌方砖地面，露天井及正门外为花岗石板地面，门框以花岗石镶嵌。书院门匾上“三湖书院”四个大字，以及原来书院上的门联据说都是出自民族英雄林则徐之手。
书院当年“延请耆贤，按时讲书”。每年“四书”一部、
经一部及“四书”文、律赋、杂文。每月考课3次：初五为官课期，十五、廿五为馆课期，每年授课9个月。每课“四书”文1篇、试帖1首。不设膏火，奖赏优厚。官课奖金由县令捐廉，馆课奖金由书院经费支付。经费主要来自捐俸与筹款，书院创建当年共得银6000余两，发商生息，年息作为山长修脯、学长酬金、馆课奖赏以及各种杂费之用。1878年冬，21岁的康有为离开了教育他3年的岭南儒学大师朱次琦，来到西樵山三湖书院修学2年，积极为后来的戊戌维新运动作充分的理论准备，探索变法图强之路，并在后来发动了轰轰烈烈的“戊戌变法”，为此，三湖书院也素有“戊戌摇篮”之称。
1902年，清帝光绪下令废书院、兴学堂，三湖书院淡出历史舞台。随后的时间里，书院遭受了文革浩劫，做过西樵山中旅企业的员工宿舍，后于1978年被拆建成三湖宾馆，专门接待西樵山游客。
