湖中西南面，原有两个小岛，名大孤山和小孤山。明代曾建一座“饮虹桥”把两岛连接起来，明末一夕风雨把桥和小孤山荡尽。现存大孤山，岛成椭圆形，似如鸡蛋，面积约半平方公里。上有岩洞，还有山峰，比湖面高出40多米，面水一侧多断岩，沿岛湖水深奥莫测。岛中央旧有千岁松柏，为宋时大理国段氏所遗，但早已焚毁。现大孤山岛是抚仙湖惟一的岛屿，位于江川县境内抚仙湖南部，面积约6万平方米，孤山南面与海门公园相隔，北面与碧云寺上的莲花峰相望。每到农历六月初六，当地人便前往孤山做庙会。
以前游客可在江川码头乘快艇上孤山岛，自2004年8月起，为维护抚仙湖水体质量，所有机动船禁止运营。这样一来，游客去孤山岛的路途就有些艰难了，抚仙湖上流行一种水上单车（20元/小时），价格低廉又环保，但它的缺点是骑行距离不能太长。门票：15元
